E' il 22 dicembre 1884 quando don Carlo San Martino annuncia al Circolo Manzoni, da lui fondato nella parrocchia di San Nazaro, l'intenzione di dare vita a un'opera di accoglienza per i bambini abbandonati. Il Pio Istituto pei Figli della Provvidenza inizia la sua attività l'anno successivo, in una casa di piazza Filangieri, accogliendo i primi 12 ragazzi.
All'acquisizione dell'isolato, esteso tra via e piazza Filangieri, segue nel 1890 l'acquisto e nel 1896 la ristrutturazione di una villa a Rigola (una frazione di Villa Raverio, nel territorio di Besana Brianza), "in mezzo al verde, con spaziosi cortili, con vasto giardino e là si stabilirono i minori tra i ricoverati, bambini dai tre ai dieci anni, con quanto vantaggio per la salute, ognuno può giudicare". A Rigola viene trasferita la sezione maschile con l'avvio di una colonia agricola e, successivamente, di laboratori-scuola di fabbro, meccanico, falegname. La sezione femminile trova spazio invece a Milano, insieme a sei scuole professionali di maglieria, taglio e cucito, sartoria per signora, mode (passamaneria, piume e fiori), stiratura e orlatrice.
Nel 1900 sono quasi 600 i bambini ospitati negli istituti, e, accanto alle scuole elementari, si creano altre scuole professionali: di decorazioni artistiche su ceramiche, di sartoria da uomo, calzoleria, ebanisteria e falegnameria, che vanno ad affiancarsi alla scuola del libro, con le sezioni di composizione, stampa e legatoria.
Il Pio Istituto prosegue la sua opera senza sosta e, grazie alle donazioni di numerosi benefattori, arriva a condurre 4 istituti: a Rigola, a Montano Lucino (vicino a Como, sul confine con la Svizzera) e due a Milano, di cui uno situato nella via dedicata a don Carlo San Martino. In particolare, nel 1931 la nobildonna Carlotta Olginati destina, alla sua morte, parte del suo ingente patrimonio in provincia di Como al Pio Istituto. Tra gli immobili pervenuti in eredità spicca la "Villa Olginati" in Montano Lucino. In questo splendido luogo, dopo alcuni interventi di ristrutturazione e di ampliamento, nell'immediato dopoguerra venne aperta la seconda sezione maschile.
Nell'agosto del 1943 l'Istituto in Milano, in piazza Filangieri, viene colpito dai bombardamenti anglo-americani e quasi totalmente distrutto. Agli inizi degli anni '50, dopo l'avvio della seconda sezione maschile in Montano Lucino (dovuta anche, come si può facilmente immaginare, alla necessità di trovare un adeguato riparo agli ospiti sfollati a causa del bombardamento), viene messa in cantiere la costruzione della nuova sede milanese in via Cardinal Mezzofanti, ora via don Carlo San Martino. I lavori dell'imponente immobile terminano nel 1961.
Nel 1976 la nuova sede di Milano viene occupata, per oltre un anno, da contestatori del vicino Istituto Statale "Gramsci", che protestano con le istituzioni per la carenza cronica di spazi. Questa triste vicenda coincide con la diminuzione di presenza di bambini affidati dal Tribunale dei minori al Pio Istituto (così come per altri Istituti simili), per l'inserimento nel nostro ordinamento giuridico del cosiddetto "affido familiare". Tali circostanze, su sollecitazione della Curia Arcivescovile di Milano, resero necessario accentrare le attività educativo-scolastiche nelle sedi di Besana Brianza e Montano Lucino, chiudendo la sede di Milano e affittando l'immobile alla Provincia quale sede dell'I.T.C. "Gramsci".
Oggi il Pio Istituto pei Figli della Provvidenza, proseguendo la tradizione educativa del suo fondatore, gestisce tre poli scolastici privati.